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分子模拟的基础知识和应用——Molecular Modeling: Basic Principles and Applications
编 者：Hans – Dieter Höltje (Heinrich-Heine-University, Germany) Wolfang Sippl (Martin-Luther- University, Germany) Didier Rognan (Boulevard Sebastien Brant, France) Gerd Folkers (Collegium Helveticum, Switzerland)
出 版 社：WILEY-VCH 索 书 号：Q7/M718d (3)/2008/Y 藏书地点：武大外教中心
分子模拟是指利用理论方法与计算技术，模拟或仿真分子运动的微观行为，广泛应用于计算化学，计算生物学，材料科学领域，小至单个化学分子，大至复杂生物体系或材料体系都可以是它用来研究的对象。通过比较模拟结果与实际体系的实验数据来检验模型的准确性，并可检验由模型导出的解析理论所作的简化近似是否成功。用分子模拟不但可以模拟现实中能进行的实验过程，而且可以用来模拟、研究如分子在各种表面上的动态行为、玻璃态的分子结构、分子运动的特征、蛋白质的折叠等现代物理实验方法难以计量的物理现象与物理过程。分子模拟最先应用于生物分子领域，在20 世纪70 年代由于生物分子学技术的进步，X 射线、NMR 等技术的使用，使得研究生物分子的内部结构成为可能。目前分子模拟技术在小分子研究过程中作用巨大。 本书共分八章进行介绍，第一章主要是对分子模拟的发展简史、方法、用途、模型构建进行介绍。第二、三两章通过3D模型的构建和使用，优化结构的计算机方法，结构分析以及对分子相互作用势能的分析来介绍分子模拟如何研究小分子的结构和功能，并举出了多巴胺D3受体拮抗剂的例子。第四章则介绍了蛋白质模拟的比较分析，这一章首先向读者讲述如何得到蛋白质的引用信息，以及蛋白模拟研究过程中相关的术语和基本策略，接着向我们讲述了蛋白质模拟的比较模型以及如何进行程序的优化和分子动态分析、验证模型。第五章则通过蛋白质对接样品的准备、对接的公式、打分函数以及虚拟筛选的结果等内容结束如何进行虚拟筛选和对接。第六章介绍了分子对接所使用的范围和相关的限制因素。第七章分别从配体、受体、配体-受体复合物等不同的角度介绍如何用化学基因组方法进行药物设计。第八章举出了细胞核荷尔蒙受体CAR以及蛋白质-配体复合物的模拟分析的实例向读者具体介绍蛋白质模拟技术。 作为系统性介绍分子模拟的专业性书籍，本书以通俗易懂的方式介绍了模拟的基础知识，并举出大量的例子进一步解释模拟的具体应用。书中附录了大量的彩色模拟图片进行补充说明。作为分子模拟书籍的第三次修订本，本书不仅新增了化学基因组学、化学生物学等章节，对蛋白质模拟的介绍也进行了完善，不仅客观评价了分子模拟技术的应用范围和局限性，也介绍了目前运用最多的模拟软件，适合于生物化学家、分子生物学家借鉴，当然对分子模拟感兴趣的读者也能通过本书的学习有所助益。
本书目录： 第一章：简介 第二章：小分子 第一节：3D坐标的产生 第二节：结构优化的计算机方法 第三节：构象分析 第四节：分子相互作用势能的测定 第三章：小分子模拟实例：多巴胺D3受体拮抗剂 第四章：比较蛋白质模型的介绍 第一节：如何得到蛋白质的引用信息 第二节：蛋白质相关的术语和基本策略 第三节：蛋白质模拟的比较模型 第四节：优化程序-模型细化-分子动态 第五节：蛋白质模型的验证 第六节：蛋白质的组成成分 第五章：虚拟筛选和对接 第一节：对接样品的准备 第二节：对接的公式 第三节：打分函数 第四节：虚拟筛选的结果 第五节：不同的对接和打分方法的比较分析 第六章：分子对接的范围和限制因素 第七章：化学基因组方法进行引物设计 第一节：配体和受体空间的描述 第二节：配体为基础的化学基因组方法 第三节：受体为基础的化学基因组方法 第四节：配体-受体复合物为基础的化学基因组方法 第八章：研究蛋白质模型的实例：细胞核荷尔蒙受体CAR以及蛋白质-配体复合物的模拟分析
（武汉大学生命科学学院研究生 王书珍） | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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